Mikroorganizmalar nedeniyle şarapta oluşan hastalıkları Aerobik ve Anaerobik olarak iki gurup alında toplayabiliriz.

Aerob Mikroorganizmalar:
En önemli olanları ‘İnce Tabaka Oluşumu’ ve ‘Sirkeleşme’dir. 3.1.1. İnce Tabaka Oluşumu (Çiçek Hastalığı) Depolama süresi boyunca şarap yüzeyinde mayalar nedeniyle ince bir zar tabakası oluşabilir. Başlangıçta yüzeyde küçük odacıklar ya da hücre yığınları olarak belirirler, kül rengindeki beyaz renkli bu zar zaman içinde kalınlaşarak kırışık bir yapı alır. Şayet kontrol altına alınmazsa şarabın kimyasal bileşimini, aromasını ve lezzetini olumsuz şekilde etkiler. Candida, Pichia, Willia ve Hansenula türleri genelde bu hastalığın nedenidirler. Fermentasyon sırasında kapta bulunan CO2 ve Saccaromyces Cerevisia’nın aktivitesi nedeniyle faaliyet gösteremeseler de, daha sonra malik ve laktik asidi parçalayarak asidik asit ve etil asetat kokusunun belirginleşmesine neden olurlar. Oluşumları sırasında uçar asitlerden başka Glükonik asit gibi uçmayan asitler de oluşturduklarından şaraptaki asitler tüketilmesine rağmen total asitlikteki azalma çok az olmaktadır. Hatta zaman zaman belirli bir miktar yükselme bile görülebilir. Şayet şarapların depolanması esnasında konulduğu varil veya tekneler tam olarak doldurulmaz ise gelişimleri çok daha çabuk ve belirgin olarak görülür. Bu şekilde şarapta ciddi bozulmalara neden olurlar. Oluşan bozulmalar sonucunda şarabın bukesi kaybolur, yavan ve kuru bir tat alarak bulanır. Çiçek hastalığının önüne geçebilmek için şaraphanede hijyenik ve şarabın havayla temasını önleyecek tanklar veya tekneler kullanılmalıdır. Alınan önlemlere rağmen şayet şarabımızda bu tür bir gelişim olur ise ilk olarak yapılması gereken yüzeydeki oluşan zar dağıtılmadan ve dikkatli bir şekilde alınmalıdır. Sonra alt musluktan başka bir kaba aktarılan şarap 15-30 g/hl aktif kömür ile muamele edilir ve jelatin ile de durultma işlemi uygulanır.

Sirkeleşme Hastalığı:
Şaraplarda sirkeleşme denilen bu hastalığa presleme sırasında zedelenmiş üzümlerden şıraya geçen asetik asit bakterileri neden olmaktadır. Bunların başlıcaları; Acetobacter pateurianum, A. Ascendes, A. Vini acetati ve A. Xylsonides’dir. Bu bakterilerin şarapta gelişmesiyle birlikte asetik asit miktarı da yükselir ve şarap sirkeleşir. Sağlam, bozulmamış üzümler düşük sayıda (102/103 adet/g’dan az) asetik asit bakterisi bulundururlar ve bu tür üzümlerin suyu yaklaşık olarak 16-23 ppm asetik asit içerir. Bozulmuş üzümlerde ise 106 adet/ g düzeyinde bulunabilen asetik asit bakterileri meyve suyunun asetik asit içeriğini 3900 ppm’e kadar yükseltebilir. Asetik asit bakterisi bulaşmış üzümler yüksek oranlarda Dihidroksiaseton ve Glukonik asit içerir. Dihidroksiaseton, gliserolün oksitlenmesiyle üretilir ve duyusal kalitesini düşür. Ayrıca SO2 bağlanma özelliğini de olumsuz yönde etkiler. Asetik asit konsantrasyonunun 1,2-1,3 g/l’yi geçtiği şaraplar uygunsuz hale gelmektedir. Uçar asit olarak da adlandırılan asetik asitin maksimum konsantrasyonunu sınırlayan bazı limitler vardır; bu sınırlar Avrupa Ekonomik Topluluğunda beyaz şaraplar için 1.08g/L, kırmızı şaraplar için ise 1.20g/L’dir. Bozulmuş şaraplardaki uçucu asitlik özellikle asetik asittir. Propiyonik ve hekzonik asit gibi diğer asitlerin konsantrasyonları ise ppb düzeyinde kaldığı için önemsenmemektedir. Asetik asit bakterilerinin gelişimi için O2 havasız ortamda çoğalmamakla birlikte hayatlarını devam ettirebilirler. Mayalanma sürecinde oluşan karbon dioksitten dolayı büyüyemezler, fakat depolama süresinde şarabın konulduğu kapta hava kalması halinde hemen faaliyete geçerler. Sirkeleşme için O2’den sonra ikinci önemli parametre ise sıcaklıktır. Asetik asit bakterileri için optimum sıcaklık 31-34°C’dir, 4-7 °C’nin altında ise faaliyet gösteremezler. Ayrıca serbest SO2’ye karşıda çok duyarlıdırlar, örneğin şarapta bulunan 50 ppm düzeyindeki serbest SO2 sirkeleşme olayını büyük ölçüde durdurur. Asetik asit bakterilerinin duyarlı olduğu diğer bir madde ise Patulin’dir, 30 ppm düzeyindeki patulin sirkeleşmeyi tamamen durdurmaktadır.

Görüldüğü gibi etanol öncelikle ‘alkol dehidrojenez’ enzimi ile asetaldehite, daha sonra ise asetaldehit de ‘asetaldehit dehidrojenez’ enzimi ile asetik aside oksitlenir. Bu basamaklar sonunda asetik asit miktarı artarken, etil alkol miktarı ise azalmaktadır. Şarapta az miktarda bulunan yüksek alkollerden propil alkol ve n-bütanol de değişikliğe uğrayarak, propionik ve bütirik aside dönüşür. Metanol, isobütil alkol ve amil alkol ise herhangi bir değişikliğe uğramamaktadır. Oluşan propionik asit ve bütirik asit ise şaraba keskin ve kötü bir tat vermektedir. Şaraptaki şekerlerden glikoz, asetik asit bakterileri tarafından glükonik aside okside edilir (Acetobacter ascendes hariç). Fruktoz ise herhangi bir değişikliğe uğramaz. Oluşan asetik asit ise bir süre sonra su ve karbon dioksite kadar parçalanır. Asetik asit bakterileri şarapta bulunan tartarik, malik süksinik ve laktik asidi de karbon kaynağı olarak kullanır ve okside ederler. Şarapların sirkeleşmesini engellemek için alınması gereken önlemler şunlardır: • Üzümlerin ezilip çürümeleri önlenmeli, hemen preslenerek fermentasyonun başlaması sağlanmalıdır. Fermentasyon sırasında oluşan CO2 havayı ortamdan uzaklaştırarak asetik asit oluşumunu engeller. Ayrıca şıraya 50-60 ppm düzeyinde SO2 katılmalıdır.

Fermentasyon bittikten sonra şarabın dinlendirilmesi ve olgunlaştırılması s ırasında konulduğu tankların/küvlerin tam olarak doldurulması gerekir. Ayrıca sıcaklık düşük olmalıdır. Her şeyden önce temizliğe önem verilmelidir.

Anaerob Mikroorganizmalar :
Tartarik Asit Azaltımı (Turn Hastalığı) :
Gliserin ve tartarik asidin parçalanması ile kendini gösterir ve şarabı bulandırır. Şarap hava ile temas ettiği zaman kötü bir tat ve koku alarak yakut kırmızısı renk esmer renge döner. Böylece kırmızı şarapta oluşan değişimler;
Tartarik asit 2,7 g/l’den 0,04 g/l’ye düşer.
Gliserol 6,1 g/l’den 0,04 g/l’ye düşer.
Laktik asit 0,92 g/l’den 3,7 g/l’ye çıkar.
Asetik asit 0,55 g/l’den 3,25 g/l’ye çıkar. Tartarik asidin azalmasına neden olan mikroorganizmalar Lactobacillus’un birkaç türü ile sınırlıdır. Bahsedilen türler tartarik asidi parçalayarak asetik asit, laktik asit ve CO2’e; gliserini ise asetik asit, laktik asit ve propiyonik aside dönüştürür. Ayrıca fruktoz da mannite redükte edilir ve malik asit de parçalanır. Uçar asit miktarı çok fazla yükseldiğinden, bu hastalık beyaz şaraplarda sirkeleşme ile karıştırılır. Alkol miktarının %11.5’den fazla olması halinde şarapta turn hastalığı görülmez, SO2 kullanımı da söz konusu bakterilerin gelişimini engellemektedir. Hastalığı önlemek için alınması gereken önlemler;
Çürük üzümler işlenmemelidir
Mayşe veya şıra fermentasyondan önce kükürtlenmelidir
Aktarmalar zamanında yapılmalı ve bu sırada yeterince kükürt verilmelidir
Dinlendirme sırasında sıcaklık düşük tutulmalıdır. 

Sünme Hastalığı:
Bu hastalık nedeniyle şaraplar yağlı, viskoz ve ince bir yapı alır. Şarap bir bardağa döküldüğünde şerit gibi akar ve tadı yavanlaşır, bukesinde ise bir değişme olmaz. Genellikle asidi ve polifenolü düşük genç şaraplarda, özellikle alkolik fermentasyonun sonunda açığa çıkabilir. Ayrıca şarapların mahzende saklanması sürecinde tankın dibinde başlayarak, yukarı doğru gelişme de gösterebilir. Sünme yüksek uçar asit ve mannitol bozulması gibi daha ciddi hataların başlangıcıdır, bu nedenle sonradan ciddi problemler doğurabilir. Aktarılması geç yapılıp uzun süre tortuyla birlikte kalmış genç beyaz şaraplarda da görülmektedir. Sünme hastalığı sonucunda şarabın PH’sı her zaman 3.4’ün üzerinde, genelde 5 civarında olur. Sünme hastalığında oluşan maddelerin yapı taşlarının azotsuz polisakkaritler olduğu saptanmıştır. Bir başka deyişle litrede 100 mg şeker bulunması hastalığın olabilmesi için yeterlidir. Neden olan mikroorganizmalar ise Streptococcus, Pediococcus ve Leuconostoc’un türleridir. Sünme bakterileri, asetik asit bakterileri ile aynı ortamda faaliyet gösterdiğinde oluşan sümüksü madde miktarı da artmaktadır. Sözünü ettiğimiz bakteriler 10ºC’de bile şarapları koyulaştırıp yapışkan hale getirebilmektedir. Mayalanan şaraplardaki viskozitenin artması, ipliksi bir oluşum ve laktik asit bakterilerinin büyümesi ile bağlantılıdır. Şarapları bu hastalıktan korumak için alınması gereken önlemler;
Şıra fermentasyona başlamadan önce kükürtlenmelidir
Fermentasyon sonunda birinci aktarma hemen yapılmalı, böylece genç şarabın maya üzerinde kalması önlenmelidir. 
Düşük asitli şarapların litresine 1 g tartarik asit katılmalı veya daha yüksek asitli şaraplarla paçal yapılmalıdır. Ayrıca dinlendirme işlemi de serin bir yerde yapılmalıdır. 

Laktik Asit Bakterilerinden Kaynaklanan Hatalar:
Genellikle sıcak iklimli bağcı ülkelerin şaraplarında görülen bu hata sonucunda şarabın asitliği yükselir, ekşi ve hoş olmayan bir tat oluşur. Havaların sıcak olduğu dönemde işlenen üzümlerin asidi düşük ve kükürtlenmesi yetersiz ise ortaya çıkması kaçınılmazdır. Laktik asit bakterileri şarapların malolaktik fermentasyonunda yer alsalar da sayılarının çok yüksek düzeylere ulaşması halinde bu hata ortaya çıkmaktadır. Lactobaciller’ in yanında Pediococcus ve Leuconstoc’un çeşitli türleri de laktik asit üretiminde rol alabilmektedir. Bu mikroorganizmalar optimal 26-34 C°’ler arasında gelişirler. Alkol, asit ve polifenolü fazla olan şaraplarda bu hataya pek rastlanmaz. Oluşan kötü tada ise bakteriyel faaliyet sonucunda oluşan acetoin ve diacetyl neden olmaktadır. Bozulmanın temel nedeni üretilen D-Laktik asittir. D-Laktik asidi yüksek oranda içeren şaraplar sirke benzeri bir özellik gösterirken, yüksek oranda da histamin içermektedirler. Ayrıca mannitol ve asetik asidin birlikte üretimi de bu hatanın bir göstergesi olarak kabul edilmektedir. Aşağıdaki tablodan da görüleceği gibi laktik asit bakterilerinin faaliyeti sonucunda D ve L-Laktik asit miktarı artarken diğer bileşenler azalmaktadır.

1- Fermentasyon öncesi asetik asit bakterisi
2- Asetik asit bakterisi ve malolaktik fermentasyon
3- Fermentasyon sonrası asetik asit bakterileri ve malolaktik fermentasyon
4- Laktik asit ve asetik asit bakterileri
5- Laktik asit bakterileri (heterofermentatif türler)
6- Laktik asit bakterileri (homofermentatif türler)

D-Laktik asit ve asetik asit Lactobacillus ve Leuconostoc’ un heterofermentatif türleri tarafından basit şekerlerin mayalanmasıyla üretilir. Lactobacillus ve Pediococcus’un homofermentatif türleri ise D-Laktik asit üretimini şekerlerin glikolitik sindirimi sonucu oluşturur. Bu homofermentatif türler pentoz şekerleri aşağıda gösterildiği gibi mayalarlar. İşte bu nedenle artık şeker içeren şaraplar laktik asit bakterilerinin gelişimi için daha uygundur.

Bütirik Asit Hataları (Bütirik Asit Hastalığı):
Spor yapma özellikleriyle de bilinen Clostridium türlerinin bulaşması ile nadiren meydana gelen bir hatadır. Asidi ve alkolü az olan şaraplarda görülen bu hastalıkta şarap tereyağı tadı alır. Bu hata yalnızca ph’sı çok yüksek meyve sularında yanlış malolaktik mayalanma sonrasında veya az asit içeren elma suyu gibi meyve sularında görülür. Clostridium türleri ortamda bulunan karbonhidratları, gliserini ve laktik asidi parçalayarak; bütirik asit, asetik asit, az miktarda laktik ve formik asit, CO2 ve H2 oluştururlar.

Kırmızı Şaraplarda Acılaşma:
Polifenolü yüksek düzeyde bünyesinde bulunduran şaraplarda görülmektedir. Bu nedenle genellikle kırmızı şaraplarda rastlanır. Gliserin ve tartarik asit miktarının azaldığı, uçar asitlerin ise çoğaldığı bir dizi reaksiyon sonucu şarabın o güzel kırmızı rengi solar, tadı yavanlaşır ve acılaşır. Acılaşma iki yan reaksiyonun sonucunda ortaya çıkmaktadır; öncelikle gliserin biyolojik olarak Akrolein maddesine dönüşür, ikinci aşamada ise akrolein kimyasal yollarla polifenollerle birleşerek acılaşmaya neden olan maddeleri oluşturur. Acılaşmanı daha çok polifenol düzeyi yüksek şaraplarda görülmesi akroleinin ikinci aşamada gerçekleşen polifenollerle bağlanmasından kaynaklanmaktadır. Şarapların acılaşmasını engellemek için şu önlemler alınmalıdır; • Bozuk taneler ayıklandıktan sonra kükürtlenmeli ve hemen cibre fermentasyonuna başlanmalıdır. Fermentasyonun bitiminde ise cibre hemen sıkılmalı ve şaraptan ayrılmalıdır. • Dinlendirme sırasında kaplar tam dolu olmalı ve tekrar kükürtlenmelidir. • Şaraplar şişelenirken iyi kalitede mantar kullanılmalıdır